Máxima autoridad unipersonal encargada de dirigir, administrar y representar legalmente a la Universidad del Bío-Bío. Entre sus funciones destacan: supervisar las actividades académicas y financieras, proponer políticas y nombramientos al Consejo Universitario, y gestionar el presupuesto y la creación de programas. Su mandato es de cuatro años, renovable una vez.

Órgano encargado de controlar la legalidad de los actos administrativos y de auditar la gestión y uso de los recursos y auditar la gestión administrativa y financiera de la Universidad del Bío-Bío. Sus principales responsabilidades incluyen supervisar los procedimientos disciplinarios, responder consultas jurídicas y auditar el uso de recursos. El contralor/a es nombrado por el Consejo Superior por un periodo de seis años.